AI modeli, gizemli kanserlerin nereden geldiğini buluyor
Doktorlar, kanser hastalarının çok az bir kısmının kanserinin nereden geldiğini bulamıyor. Bu hastalar için hangi tedaviyi seçeceklerine karar vermek çok zor oluyor. Çünkü çoğu kanser ilacı, belli bir kanser türüne göre yapılıyor.
MIT ve Dana-Farber Kanser Enstitüsü’nde çalışan bilim insanları, bu gizemli kanserlerin nereden geldiğini bulmak için yeni bir yöntem geliştirdiler. Bilim insanları, bilgisayar kullanarak, kanserde değişiklik gösteren yaklaşık 400 genin sıralamasını incelediler. Bu bilgiyi de, bir tümörün vücudun hangi bölgesinden çıktığını tahmin etmek için kullandılar.
Bilim insanları, bu yöntemi kullanarak, kaynağı bilinmeyen tümörlerin yüzde 40’ından fazlasını doğru olarak ayırt edebildiklerini gösterdiler. Bu veri setindeki yaklaşık 900 hastadan bahsediyoruz. Bu yöntem sayesinde, kanserin nereden geldiğine bağlı olarak farklı ilaçlara ihtiyaç duyan hasta sayısı da 2,2 kat arttı.
Bu çalışmanın baş yazarı olan MIT’de elektrik mühendisliği yüksek lisans öğrencisi Intae Moon şöyle diyor: “Bu makaledeki en önemli bulgu, bu yöntemin tedavi seçimine yardımcı olabileceği ve doktorların kaynağı bilinmeyen kanserli hastalar için en uygun tedaviyi bulmalarına rehberlik edebileceğiydi.”
Bu çalışmanın kıdemli yazarı olan Harvard Tıp Okulu ve Dana-Farber Kanser Enstitüsü’nde tıp profesörü Alexander Gusev ise şöyle diyor: “Her yıl birçok kişi, nereden geldiği bilinmeyen bu kanserleri geliştiriyor ve çoğu ilaç, hangi bölgeden geldiğini bilmek gerektiren bölgeye özgü olduğu için, bu hastaların çok az tedavi seçeneği var.”
Moon, Dana-Farber’de toplanan genetik verileri inceleyerek, bu verilerin kanser türünü tahmin etmek için kullanılıp kullanılamayacağını araştırmaya karar verdi. Verilerde, kanserde değişiklik gösteren yaklaşık 400 genin sıralaması vardı. Bilim insanları, 22 farklı kanser türünden yaklaşık 30.000 hastanın verilerini kullanarak bir bilgisayar yöntemi geliştirdiler. Bu hastaların bir kısmı Dana-Farber’dan, bir kısmı da Memorial Sloan Kettering Kanser Merkezi ve Vanderbilt-Ingram Kanser Merkezi’ndendi.
Bilim insanları daha sonra bu yöntemi, daha önce görmediği ama nereden geldiği bilinen yaklaşık 7.000 tümör üzerinde denedi. Bilim insanlarının OncoNPC adını verdiği bu yöntem, nereden geldiklerini yaklaşık yüzde 80 doğru tahmin edebildi. Bunların içinde güvenilirliği yüksek olan tümörler için doğruluk oranı yüzde 95’e kadar çıktı.
Bu sonuçlardan sonra, bilim insanları bu yöntemi Dana-Farber’dan olan ve nereden geldiği bilinmeyen yaklaşık 900 tümör üzerinde kullandılar. Bu tümörlerin yüzde 40’ından fazlasının nereden geldiğini güvenilir bir şekilde tahmin edebildiklerini gördüler.
Bilim insanları daha sonra bu yöntemin tahminlerini, hastaların hangi kanser türüne yatkın olduğunu gösterebilen başka bir veriyle karşılaştırdılar. Bu veri, bir tümörün hangi genleri aktif veya pasif kullandığını gösteriyordu. Bu karşılaştırma sonucunda, bu yöntemin tahminlerinin doğru olduğunu doğruladılar.
